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Signes biologiques du COVID-19

Signes Biologiques du COVID-19

Dernière mise à jour de la fiche : 3/05/2020 à 21h00

Diagnostic

En France, le diagnostic spécifique de COVID-19 est réalisé actuellement par une RT-PCR spécifique sur un écouvillonnage nasopharyngé dont le résultat peut être obtenu généralement en 4 heures (hors temps de transport). 

Les prélèvements conseillés à réaliser pour le diagnostic initial COVID-19 sont les suivants :

  • RT-PCR COVID 19 sur écouvillon sur :
    • un prélèvement systématique des voies respiratoires hautes (naso-pharyngé /écouvillons Virocult ® ou aspirations),
    • un prélèvement des voies respiratoires basses (crachats, LBA, ATB) en cas d’atteinte parenchymateuse (confirmée par scanner par exemple), et si c’est possible.
  • PCR Grippe/Multiplex Virus Respiratoires
  • ECBC pour analyse standard + PCR intracellulaires + Culture BCYE
  • Mycologie avec PCR Pneumocyctis + Recherche Aspergillus
  • Sérologies Légionnelle et Mycoplasme
  • Hémocultures selon les recommandations habituelles
  • Urines : Ag Legionnelle et Pneumocoque

Lors de la rédaction de cette fiche, les prélèvements étaient indiqués pour :

  • Les patients hospitalisés pour un tableau clinique évocateur de Covid-19 afin de valider le diagnostic et éviter la transmission par des mesures d’isolement et d’hygiène appropriées
  • Le suivi de l’excrétion virale chez les patients graves en réanimation afin de guider de guider le traitement
  • Les professionnels de santé avec symptômes évocateurs de Covid-19,
  • Les femmes enceintes symptomatiques quel que soit le terme de la grossesse
  • Les donneurs d’organes, tissus ou cellules souches hématopoïétiques
  • Les trois premiers patients dans le cadre de l’exploration d’un foyer de cas potentiels (EHPAD, milieu carcéral, caserne, résidence universitaire etc.).

L’indication de ces prélèvements varie régulièrement en fonction de l’évolution des recommandations, ainsi qu’en fonction des capacités techniques des laboratoires de référence.

La recherche par PCR dans les matières fécales pourrait révéler la présence d’ARN viral du Covid-19 jusqu’à 5 semaines après la négativité des prélèvements respiratoires. Les auteurs ne proposent cependant pas de rajouter ce test en routine pour le diagnostic de l’infection par le virus.
Par ailleurs, des études supplémentaires sont en cours pour déterminer si la charge virale présente dans les selles est suffisante pour présenter un risque de contamination.

Signes communs

Marqueur Evolution Signes de gravité/pronostic

NFS

Globules rouges

Normal

Lymphocytes

Lymphopénie fréquente

Ly totaux < 0.8G/L

Plaquettes

Thrombopénie modérée possible (>100G/L)
<100G/L
Rapport neutrophiles/lymphocytes
Marqueur pronostique proposé: Ne/Ly>3 serait de mauvais pronostic
Coagulation
D-dimères
Normaux ou augmentés
>1000 ng/mL
CIVD
Mauvais pronostic (...), probablement plus de problèmes de thromboses que de saignements: fibrinogènémie élevée voire très élevée
Inflammation
CRP
Augmentée (si négative + insuf. respiratoire, envisager une autre étiologie)
>100mg/L (possible corrélation avec la sévérité clinique)
PCT
Normale ou augmentée (>0.5 ng/mL)
Pas de signification pronostique à priori
Ferritine
>300µg/L
LDH
> 245 IU/L
IL6
Augmentée
Bilan hépatique
Transaminases
Augmentées (~200UI/L)
Pas d’hépatite fulminante ou d’insuffisance hépatique décrite
IUC
5% d’insuffisance rénale à dialyser chez les patients de réanimation
Cardio
Troponine et BNP
Elévation spontanée (possiblement sur l’hypoxie)
Recherche d’étiologie cardiaque Recherche arguments pour myocardite

Sources

  • 1 : Li K, Wu J, Wu F, Guo D, Chen L, Fang Z, et al. The Clinical and Chest CT Features Associated with Severe and Critical COVID-19 Pneumonia. Investigative Radiology. 29 février 2020. DOI : 10.1097/RLI.0000000000000672. Lien

  • 2 : Jin Y, Cai L, Cheng Z, Cheng H, Deng T, Fan Y, Fang C, Huang D, Huand K, Huang Q, Han Y, Hu B, Hu F, Li B, Li Y, Liang K, Lin L, Luo L, Ma J, Ma L, Peng Z, Pan Y, Pan Z, Ren X, Sun H, Wang Y, Wang Y, Weng H, Wei C, Wu D, Xia J, Xiong Y, Xu H, Yao X, Yuan Y, Ye T, Zhang X, Zhang Y, Zhang Y, Zhng H, Zhao Y, Zhao M, Zi H, Zeng X, Wang X, Wang Y, Wang X, A rapid advice guideline for the diagnosis and treatment of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) infected pneumonia (standard version), Mil Med Res., 6 Février 2020

  • 3 : Internal Book of Critical Care, EMCrit Project. Lien

  • 4 : Gestion des prélèvements biologiques d’un patient suspect de Covid-19, Société Française de Microbiologie. Lien

  • 5 : Recommandations aux professionnels de santé en charge des prélèvements de dépistage par RT-PCR, Agence Régionale de Santé, 18 mars 2020. Lien

  • 6 : Wu Y, Guo C, Tang L, Hong Z, Zhou J, Dong X, Yin H, Xiao Q, Tang Y, Qu X, Kuang L, Fang X, Mishra N, Lu J, Shan H, Jiang G, Huang X. Prolonged presence of SARS-CoV-2 viral RNA in faecal samples. The Lancet Gastroenterology & Hepatology. 19 mars 2020.  Lien

  • 7 : Dépistage en laboratoire des cas suspects d’infection humaine par le nouveau coronavirus 2019 : lignes directrices provisoires. Organisation Mondiale de la Santé. 17 janvier 2020. Lien

  • 8 : Fiche prélèvements pour RT PCR. Agence régionale de la Santé. Lien